Não é muito fácil encontrar livros de química gratuítos para baixar. A quantidade de material não é muito grande e o que existe não está muito bem indexado.
Já indiquei alguns livros de matemática gratuítos, a lista é certamente bem mais ampla e diversificada. Acho que os químicos não têm um costume de compartilhar gratuitamente os seus esforços.
Livros para download
Introdução a Química Quântica – André Luis Bonfim Bathista e Silva (arquivo em PDF)
The Chemical History of a Candle – Michael Faraday (livro antigo)
Organic Chemistry – Daley & Daley (necessário cadastro gratuíto)
Quantities, Units and Symbols in Physical Chemistry – IUPAC
Virtual Textbook of Organic Chemistry
WikiBooks
OBS: todos os livros acima estão autorizados para download